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E finalmente, um dos recursos mais poderosos do FreeCAD é o ambiente de programação (scripting). Desde da consola python integrada (ou a partir de qualquer outro script Python externo), pode obter acesso a praticamente qualquer parte do FreeCAD, criar ou modificar geometria, modificar a apresentação desses objetos na cena 3D ou aceder e modificar a interface do FreeCAD. A programação Python pode também ser usada em macros, que proporcionam um método fácil de criar comandos personalizados.